L’Archivio fu istituito nel 1818 con la denominazione di Archivio provinciale di Capitanata ed ebbe come archivio supplementare quello di Lucera, nel quale erano conservati i documenti delle magistrature giudiziarie, che per la provincia di Capitanata avevano sede a Lucera, mentre gli organi amministrativi avevano sede a Foggia.
L’Archivio di Stato di Foggia cominciò ad esercitare le sue funzioni istituzionali nel 1820, a seguito della legge organica degli archivi del 1818.
L'Archivio di Stato di Foggia è articolato in tre sedi. La principale, dove si trovano la direzione e gli uffici amministrativi è quella di Palazzo Dogana, in corso Garibaldi 31/A. Nello stesso edificio è stata allestita la Biblioteca dell'istituto, a carattere specialistico, di supporto alle ricerche sia del personale tecnico, sia degli studiosi ammessi alla Sala di studio. Il patrimonio librario consta di 14.554 monografie e opuscoli, di 512 libri antichi (di cui 12 cinquecentine), di 836 periodici (di cui 42 correnti), di 711 documenti grafico-iconici. Si possono consultare testi di storia delle istituzioni e dell’ordinamento amministrativo napoletano e italiano, opere di storia generale, fra cui l’edizione quasi completa del Rerum italicarum scriptores di Ludovico Antonio Muratori ed edizioni di fonti (Registri della Cancelleria angioina, Fonti aragonesi, Codice diplomatico pugliese, etc.). Di notevole rilievo sono i testi concernenti la Dogana delle pecore di Foggia, che costituisce il fondo archivistico più importante dell’Archivio. Tra le pubblicazioni di carattere ufficiale si segnalano il Giornale degli atti dell’Intendenza di Capitanata, poi Bollettino della Prefettura di Capitanata; gli Annali civili del Regno delle Due Sicilie; il Bullettino delle leggi del Regno di Napoli, poi Collezione delle leggi e de’ decreti reali del Regno delle Due Sicilie; la Raccolta ufficiale delle leggi e dei decreti del Regno d’Italia, poi Raccolta ufficiale delle leggi e dei decreti della Repubblica italiana. Tra i periodici di interesse locale è da rimarcare Il Foglietto.
L’ufficio è una vera e propria “culla della storia di Capitanata: dagli Stati preunitati, fino agli inizi del ventunesimo secolo”.
